Sebagai lembaga pendidikan formal di bawah naungan Kementerian Agama, MTsN 1 Kepulauan Mentawai memiliki struktur organisasi yang terdiri dari unsur pimpinan, pelaksana, dan pendukung yang saling berhubungan. Struktur ini bertujuan agar penyelenggaraan pendidikan berjalan efektif, efisien, dan sesuai ketentuan.
Kepala madrasah merupakan pimpinan tertinggi yang bertanggung jawab atas keseluruhan penyelenggaraan pendidikan, administrasi, pembinaan tenaga pendidik dan kependidikan, serta pembinaan peserta didik.
Membantu kepala madrasah dalam bidang tertentu, yang terdiri dari:
Guru merupakan ujung tombak dalam penyampaian pembelajaran, membina, serta menilai peserta didik baik dalam aspek akademik maupun akhlak.
Mendukung kelancaran administrasi dan manajemen madrasah, meliputi:
Badan mandiri yang beranggotakan orang tua/wali siswa dan tokoh masyarakat, berfungsi memberikan dukungan moral, finansial, dan masukan dalam rangka peningkatan mutu pendidikan di madrasah.