Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) 1 Kepulauan Mentawai pada awal berdirinya bernama MTsN Sioban, didirikan di Desa Sioban Kecamatan Sipora Selatan. Madrasah ini dibuka dan dinegerikan pada tahun 1997 dengan keluarnya Keputusan Menteri Agama RI Nomor 107 Tahun 1997 Tentang Pembukaan dan Penegerian Madrasah. Pada tahun 2004 MTsN 1 Kep. Mentawai direlokasi ke Ibukota Kabupaten Kepulauan Mentawai yaitu Tuapejat yang beralamat di KM 02 Desa Tuapejat dan didirikan 4 lokal gedung belajar baru. Pada tahun berikutnya MTsN 1 Kepulauan Mentawai yang beralamat di KM 02 mendapat bantuan pembangunan gedung ruang perkantoran tempat ruang pimpinan dan majelis guru.
Lokasi MTsN 1 Kepulauan Mentawai yang terletak di KM 02 Tuapejat ini jauh dari pemukiman penduduk, maka perkembangan siswa tidak begitu menggembirakan. Pada tahun 2004 MTsN 1 Kepulauan Mentawai menerima sebanyak 17 orang siswa, kemudian pada tahun berikutnya meningkat menjadi 20 orang siswa. Jumlah siswa tahun berikutnya tidak jauh berbeda dengan tahun sebelumnya. Memperhatikan perkembangan siswa yang kurang menggembirakan, pada tahun 2007 MTsN 1 Kepulauan Mentawai mendapat tambahan pembangunan 3 lokal baru, pelaksanaan pembangunan ini tidak dilaksanakan di KM 02 Tuapejat tempat dimana gedung sebelumnya ada. Tetapi dilaksanakan di KM 06 Tuapejat karena berdasarkan pertimbangan yang matang, bahwa lokasi ini berada pada tempat yang strategis, karena bisa dijangkau dari 4 desa di sekitarnya. Hal ini terbukti dengan terjadinya peningkatan yang cukup signifikan dari jumlah siswa yang mendaftar dan menjadi siswa MTsN Sioban.
Pada bulan September 2007 terjadi gempa besar di yang berpusat di Kepulauan Mentawai yang mengakibatkan banyak bangunan dan gedung yang rusak. Berdasarkan hasil survey yang dilakukan oleh tim Dinas Kimpraswil Kabupaten Kepulauan Mentawai yang dilakukan terhadap gedung lokal belajar siswa dan gedung perkantoran MTsN 1 Kepulaun Mentawai yang berada di KM 02 Tuapejat dinyatakan bahwa gedung lokal belajar dan gedung perkantoran MTsN 1 Kepulauan Mentawai mengalami Rusak Berat. Hal ini dibuktikan dengan dikeluarkannya surat keterangan dari Dinas Kimpraswil Kabupaten Mentawai Nomor : 600/24/PA/KPW-MTW/III-2008. Maka mulai awal tahun 2008 aktivitas pembelajaran dan administrasi pendidikan dilaksanakan di gedung MTsN yang berlokasi di KM. 06 Tuapejat. Dikarenakan gedung yang ada cuma 3 lokal, maka untuk kegiatan perkantoran (ruang pimpinan dan majelis guru) dilaksanakan dengan memberi sekat salah satu lokal. Jadi dalam satu lokal itu terdapat dua kegiatan yaitu tempat proses belajar mengajar siswa dan kegiatan administrasi pendidikan.
Pada Tahun 2016 Sesuai dengan Keputusan Menteri Agama RI Nomor 879 Tahun 2017 Tentang Perubahan Atas Keputusan Menteri Agama Nomor 675 Tahun 2016 Tentang Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri Di Provinsi Sumatera Barat. Maka nama madrasah yang sebelumnya MTsN Sioban Berubah Menjadi MTsN 1 Kepulauan Mentawai. Berikut beberapa akun sosial media dari MTsN 1 Kepulauan Mentawai, Instagram @mtsn_1_kepulauanmentawai, TikTok @mtsn1kepulauanmen.